II Faza LOGOSa ima tri indirektna pitanja: ravnopravnost polova, dobro upravljanje i pod-opštinski nivo.

Ravnopravnost polova je važna briga z aII Fazu LOGOS. Obezbeđivanje angažovanja žena u odlučivanju na lokalnom nivou i budžetskom procesa je preduslov za njihovo osnaživanje smisla, koliko i za održivi i uravnoteženi lokalni razvoj. Pored toga, žene tradicionalno imaju važnu ulogu u procesu usaglašavanje. LOGOS II Faza jača ravnopravnost polova kroz podršku lokalnim vlastima u sprovođenju u praksi Zakona o Ravnopravnosti Polova, naročito ohrabrujući učešće žena u opštinskim i pod-opštinskim strukturama, uključujući i žene u obuku, ženskog organizovanja i angažmana kroz uspostavljeno participativno donošenja odluka/konsultativnih mehanizama, uvodeći elemente rodne analize u planiranja i osetljivog budžetiranja lokalnih službenika na rodna pitanja

Dobro upravljanje je još jedno važno indirektno pitanje. Ono ima pet važnih dimenzija: odgovornost, transparentnost, učešće, nediskriminaciju i efikasnost. Ovi ključne principi su integrisani u LOGOS koji direktno ih pojačava kroz tri glavne radne oblasti. Pored ovih pet principa, poseban akcenat je dat uključivanje zajednica. Ova zajednica – senzitivan pristup obezbeđuje jednaki pristup različitih zajednica na donošenje odluka lokalnih vlasti i procesa budžetiranja, kao i kroz praktikovanje principa inkluzivnog razvoja u izradi planova, budžeta, obezbeđivanju pristupa ka ekonomskom razvoju i mogućih prihodima, kao i pristupu i kvalitetu osnovnih usluga.

Pod opštinski nivo je treće indirektno pitanje za II Fazu LOGOSa. Projekat obezbeđuje da su prioriteti pod-opštinskog nivou uzeti u obzir od strane opštine, u njihovim strateškim planiranjima i procesu budžetiranja.